基因组测序(genome sequencing,GS)是一种全面且系统地检测个体核基因组和线粒体基因组DNA序列的技术, 旨在识别遗传变异并研究这些变异在人类健康和疾病发生发展中的作用. 作为一种应用越来越广泛的检测技术, GS 凭借高通量、高准确性和全面性的优势, 为临床诊断提供了重要支持. 然而, 其复杂的数据分析与解读对专业知识和经验提出了较高要求, 也带来了诸多挑战. 运用GS技术进行遗传病分子诊断会涉及临床应用的伦理与技术问题, 包括知情同意、诊断性数据解读、报告范围和内容等. 本专家共识总结了临床基因组测序(clinical GS, cGS)的核心流程, 明确了检测范围与技术局限性, 提供了数据质控、分析、注释及变异解读的关键步骤, 并对报告内容和知情同意的争议性问题展开讨论. 本共识旨在帮助相关从业人员正确理解和规范使用临床基因组测序技术, 提升遗传病诊断的准确性, 优化技术的临床效用, 推动医学科学研究的进步.